Struktur organisasi Kantor Imigrasi Kelas II Non-TPI Banggai meliputi Subbagian Tata Usaha, Seksi Dokumen Perjalanan dan Izin Tinggal Keimigrasian, Seksi Teknologi Informasi dan Komunikasi Keimigrasian, Seksi Intelijen dan Penindakan Keimigrasian.